Ένα μυστηριώδες σήμα (κινδύνου;) έρχεται από τα βάθη της Κοίλης Γης και καλεί την ερευνητική ομάδα που προστατεύει τον Κονγκ στη Νήσο του Κρανίου να βρεθεί στα έγκατα αχαρτογράφητων περιοχών, ελπίζοντας να μην αναμειχθεί και ο Γκοτζίλα, προκαλώντας νέες επικές μάχες.