Τα νεαρά Χελωνονιντζάκια προσπαθούν να έρθουν σε επαφή με τον έξω κόσμο και να γίνουν αποδεκτά από τους ανθρώπους μέσω των ανδραγαθημάτων τους, ενώ παράλληλα καλούνται να αντιμετωπίσουν μια στρατιά μεταλλαγμένων που σχετίζεται με το οργανωμένο έγκλημα.