Όταν ο Sonic πληροφορείται πως το μοχθηρό alter ego του ονόματι Shadow δραπέτευσε από τη φυλακή όπου κρατείτο επί πενήντα συναπτά έτη, μαζεύει την παλιοπαρέα των Knuckles και Tails επιχειρώντας ν’ αποτρέψει τα ολέθρια πλάνα του. Για να τα καταφέρει, όμως, θα χρειαστεί τη βοήθεια του σατανικού Δρ. Ρομπότνικ!